中国经济特区立法研究所成立于2009年6月，由时任分校党委副书记、法律与行政学院院长于风政教授任主任。
中国经济特区立法研究所成立之时，正值澳门大学在珠海市横琴岛建立校区、全国人大行将通过法律授权澳门特别行政区依照澳门法律对澳大横琴校区进行管辖一事引发宪法学界广泛争议之时。中国特区立法研究所顺势举办了“珠海横琴岛开发中的法律问题”省内专家研讨会，向中央政府和教育部提交了《关于设立“珠海高等教育改革特别试验区”，利用澳门大学搬迁横琴的契机，推动珠三角地区高等教育改革与创新的研究报告》；提交了关于全国人大常委会授权澳门特别行政区以澳门法律管辖澳大横琴校区的法律意见书等等，认为全国人大常委会授权澳门特别行政区以澳门法律管辖澳大横琴校区的决定不合宪法、不合澳门特区行政区基本法，并产生过重大的政策性影响。
2011年，中国经济特区立法研究所向珠海市人大常委会提交了关于尽快制定《珠海市水域管理条例》以应对澳门提出划分海域请求的建议；关于建立“珠澳合作与发展促进会”的建议；《关于制定<珠海市业主委员会组织条例>的建议》等等，后来的发展证明，这些建议都极有预见性，为推动社会治理发展提供了前瞻性政策设计。
中国经济特区立法研究所设立以来，先后承担数十项科研项目和横向课题，经费达到数百万元，成为立足珠海，服务全省的学术科研重镇。
